Juan de Quintanaortuño (1080-1163) fue el fundador de este Monasterio, el cual nació como pequeño hospital para peregrinos atendido por canónigos regulares. Según la tradición, construyó una pequeña capilla situada donde hoy se encuentra la de San Nicolás y, más tarde, inició la iglesia monacal románica comenzando por sus ábsides. A su muerte, la fama de su santidad se extendió rápidamente, convirtiendo al Monasterio en uno de los hitos fundamentales del Camino de Santiago, donde los peregrinos veneraban su tumba.
Los tres ábsides románicos fueron cerrados por naves tardogóticas en el siglo XV, cuando los monjes de la orden jerónima se establecieron en Ortega, ampliando y reconstruyendo sus dependencias. Se reformó y amplió la capilla de San Nicolás y se realizó el baldaquino gótico, cuya factura se relaciona con el taller de los Colonia. El claustrillo es del siglo XVI y el claustro herreriano del XVII. El Monasterio sufrió gravemente las consecuencias de la Guerra de la Independencia y de las Desamortizaciones. En el siglo XX se realizaron algunas actuaciones, como la cripta de la iglesia.
Asimismo, fue restaurado parcialmente en varias ocasiones. Las últimas intervenciones, a principios del presente siglo, han sido en la iglesia monacal y la reconstrucción de la bóveda de la capilla.
Actualmente, se quiere actuar de nuevo en el Monasterio, esta vez de forma global, reconstruyendo las partes arruinadas y dándole un uso que garantice, mediante su adecuada gestión, la conservación a través de los años del Monasterio y de sus dependencias.
Para ello, se ha firmado un acuerdo entre la Junta de Castilla y León, Caja de Burgos y el Arzobispado de Burgos. Mediante este convenio comienza una restauración integral que quiere poner en valor todas sus dependencias, interviniendo en todo su conjunto y rehabilitándolo para darle un uso de hospedería y residencial, al mismo tiempo que se mantiene el tradicional albergue de peregrinos, que siempre ha existido, ligado al único Camino de Santiago declarado Patrimonio Mundial.
Los tres ábsides románicos fueron cerrados por naves tardogóticas en el siglo XV, cuando los monjes de la orden jerónima se establecieron en Ortega, ampliando y reconstruyendo sus dependencias. Se reformó y amplió la capilla de San Nicolás y se realizó el baldaquino gótico, cuya factura se relaciona con el taller de los Colonia. El claustrillo es del siglo XVI y el claustro herreriano del XVII. El Monasterio sufrió gravemente las consecuencias de la Guerra de la Independencia y de las Desamortizaciones. En el siglo XX se realizaron algunas actuaciones, como la cripta de la iglesia.
Asimismo, fue restaurado parcialmente en varias ocasiones. Las últimas intervenciones, a principios del presente siglo, han sido en la iglesia monacal y la reconstrucción de la bóveda de la capilla.
Actualmente, se quiere actuar de nuevo en el Monasterio, esta vez de forma global, reconstruyendo las partes arruinadas y dándole un uso que garantice, mediante su adecuada gestión, la conservación a través de los años del Monasterio y de sus dependencias.
Para ello, se ha firmado un acuerdo entre la Junta de Castilla y León, Caja de Burgos y el Arzobispado de Burgos. Mediante este convenio comienza una restauración integral que quiere poner en valor todas sus dependencias, interviniendo en todo su conjunto y rehabilitándolo para darle un uso de hospedería y residencial, al mismo tiempo que se mantiene el tradicional albergue de peregrinos, que siempre ha existido, ligado al único Camino de Santiago declarado Patrimonio Mundial.