Es una maravilla del gótico florido. Se asentó en 1505. Los comitentes fueron Gonzalo López de Polanco y su mujer Leonor de Miranda, ricos mercaderes, enterrados en el arcosolio de la derecha. Sus autores, probablemente, Simón y Francisco de Colonia. Su material es piedra procedente de Hontoria de la Cantera (Burgos).Ocupa todo el muro testero de la nave. La parte superior es un añadido de madera (siglo XVIII), presidida por la imagen de Dios Padre (siglo XV).
Tiene tres calles. La central se subdivide en dos. En la zona superior se representa la Coronación de la Virgen por las tres Personas Divinas, escena que contemplan los nueve coros de ángeles y los cuatro evangelistas con San Miguel. En el inferior junto a la espléndida escultura de San Nicolás, ocho momentos significativos de este Obispo. Dote de las tres doncellas, Caridad de San Nicolás, Patrono de los Navegantes, Resurrección de los tres muchachos, Milagro del bálsamo y Calma de la tempestad.
En la predela, los Fundadores flanqueados por sus blasones y protegidos por ángeles. Junto a la cruz, la Santa Cena y la Oración del Huerto.
Las calles laterales presentan seis cuerpos con tres bandas de doseletes y hornacinas albergando a los santos más conocidos de la iglesia. Como basamento de estas calles están los sepulcros de los fundadores a la derecha: Gonzalo López de Polanco y Leonor de Miranda, en lecho de pizarra y alabastro, con sus escudos en la base y la Adoración de los Magos sobre el arco conopial. A la izquierda la sepultura del hermano del Fundador, Alfonso de Polanco y su mujer Constanza de Maluenda, con la Anunciación de María.