El órgano es del s. XVII y se encuentra en estado aceptable. Según todos estos datos, el canto gregoriano, la polifonía y la literatura organística fueron muy cultivados por el Capítulo de Alquézar; sin embargo, no tenemos constancia de ningún nombre de maestro de capilla ni de organista, aunque es muy probable que muchos de los autores de las obras citadas ocupasen estos cargos.
En los siglos XVII y XVIII la música ocupó un lugar importantísimo en las celebraciones y el órgano barroco dio brillo y espectacularidad a la liturgia.